基础医学一级学科于2011年获批一级博士学位授权点，2018年、2022年两次入选福建省双一流”高峰建设学科。本学科以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持道德教育培养人才，同时坚持党建领导，遵循教育发展的“十四五规划”，紧密结合国家区域经济建设和对健康中国的需求，以临床问题为导向，凝练特色优势，重点围绕肿瘤发生发展机制、神经系统疾病发病机制、心血管系统疾病信号转导通路等方向开展科学研究，在病原生物学、病理学与病理生理学、免疫学、人体解剖学、组织胚胎学等5个研究方向招收博、硕士研究生。人才培养方面，拥有基础医学国家级一流本科专业，依托基础医学一级学科博士点与博士后流动站，实施拔尖学生直接攻读硕士、博士学位制度，已构建完整的“本-硕-博-博士后”人才培养体系。